Hình thái tổ chức của Thanh niên Cao vọng chịu ảnh hưởng rất lớn của hình thái tổ chức hội kín Nam Kỳ. Là một tổ chức hoạt động bí mật nên hệ thống cơ sở được giữ kín, "mỗi chi chỉ biết nhau số người trong chi mà thôi. Riêng người dứng đầu chi thì biết thêm được ít người đứng đầu chi khác, nhưng được biết cũng rất hạn chế, chỉ biết số rất ít người ở cấp trên". Các cơ sở tồn tại và phát triển một cách độc lập và riêng lẻ.

Tổ chức của Thanh niên Cao vọng rất đơn giản. Dưới lãnh tụ Nguyễn An Ninh là các Đầu Dây đứng đầu từng vùng (như Mai Văn Ngọc phụ trách vùng Mỹ Tho), kế tới Đầu Chỉ và chót hết là Đầu, tức đảng viên[1]. Tổ chức không có đơn vị cấp tỉnh, trung ương. Đại bản doanh của Thanh niên Cao vọng là nhà riêng của Nguyễn An Ninh.

Thành phần tham gia Thanh niên Cao vọng rất phong phú: nông dân nghèo, binh lính người Việt đi lính cho Pháp, điền chủ yêu nước, hương thân, hội tề, trí thức… Bà Trương Thị Sáu, vợ ông Ninh kể: "Nhà anh Ninh khách khứa cứ nườm nượp. Nghe tiếng Anh Ninh, rất nhiều người tìm đến. Có những anh em trong phong trào yêu nước trước đây như phong trào Thiên Địa Hội, Phan Xích Long"[2]. Một bạn đồng chí khác của ông Ninh là Nguyễn Văn Trân cũng cho biết: "Trong Đảng Thanh niên Cao vọng trước đây có nhiều người đã tham gia các phong trào vũ trang tự vệ của nông dân Nam Kỳ như Thiên Địa Hội mà thường gọi là Hội kín. Vì thế, có người cũng gọi Đảng Thanh niên Cao vọng là "Hội kín Nguyễn An Ninh"".

Để trở thành Đảng viên, những người gia nhập phải trải qua thời gian thử thách. Thứ nhất là phải biết đọc, biết chữ Quốc ngữ, phải cắt tóc ngắn. Buổi lễ kết nạp được tổ chức rất kín đáo, có bàn thờ Tổ quốc, có bình bông, thắp hai ngọn đèn cầy, dù đơn sơ nhưng trang nghiêm. Trước bàn thờ Tổ quốc, người xin vào Đảng phải giơ tay khỏi đầu và thề: "Luôn luôn trung thành với Tổ quốc! Thà chết chứ không phản lại Tổ quốc! Không phản lại tổ chức, không phản lại đồng chí của mình".